Bir gün sonra üniversitenin sosyal tesislerine ürün sağlayan firmadan ödemelerin kendilerine yapılmadığı yönünde şikayetler gelmeye başladı. Yapılan incelemede Alptekin'in tesise ürün getiren özel firmalardan alacaklarına karşılık ödeme makbuzu imzalattığı ancak, ödemesi gereken yaklaşık 500 bin lirayı ödemediği anlaşıldı. Aptekin'in, 14 Nisan günü eşi ve 2 çocuğunu bırakarak yurt dışına çıkış yaptığı belirlendi. Trakya Üniversitesi Rektörlüğü konuyla ilgili inceleme başlatırken, denetmenler de hesapları mercek altına aldı. Ayrıca Edirne Cumhuriyet Başsavcılığı'na da suç duyurusunda bulunuldu. Mehmet Alptekin'in 6 ay önce muhasebe yetkilisi ve Sosyal Tesis İşletme Müdürlüğü görevinden alınarak Spor ve Kültür Daire Başkanlığı'nda memur olarak görevlendirildiği belirtildi.
Paraları alarak ortadan kaybolan Mehmet Alptekin'in 2004 yılında İl Jandarma Komutanlığı'nın düzenlediği rüşvet' operasyonunda gözaltına alınarak tutuklandığı ortaya çıktı. O dönem Kapıkule Kara Ulaştırma Müdürlüğü'nde memur olarak görev yapan Alptekin'in 2005 yılında yargılandığı Edirne 1'nci Ağır Ceza Mahkemesi'nce tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldığı ve yargılama ardından Trakya Üniversitesi'ne geçiş yaptığı kaydedildi. Olayla ilgili Edirne Cumhuriyet Başsavcılığı adli, Trakya Üniversitesi Rektörlüğü idari soruşturma başlattı.